Unit Audit Dalam bertanggungjawab dalam merancang dan melaksanakan pengauditan di Majlis Agama Islam Melaka. Selain itu, Unit Audit Dalam juga membantu dan mengenalpasti sama ada wujudnya kawalan dalaman di dalam proses pentadbiran Majlis serta sistem. Audit Dalaman MAIM juga membantu memberikan cadangan serta langkah-langkah yang berkesan bagi memperbaiki kecekapan dan keberkesanan proses pentadbiran Majlis.

• Menjalankan auditan terhadap urusan pembayaran gaji kakitangan
• Menjalankan auditan ke atas kutipan hasil
• Menjalankan auditan ke atas stok resit dan stok alat tulis.
• Menjalankan auditan terhadap semua aset alih dan tak alih
• Menjalankan auditan terhadap semua urusan kewangan (bayaran)
• Menjalankan auditan terhadap semua urusan pengagihan dan perbelanjaan-perbelanjaan di bawah asnaf zakat.
• Menjalankan auditan terhadap urusan wakaf dan Baitulmal
• Menjalankan auditan terhadap akaun amanah/pelaburan.
• Menyelaras keperluan audit dengan pihak Jabatan Audit Negara
• Semakan penyata tahunan MAIM sebelum dikemukakan kepada Ketua Audit Negara
• Menyelaras semua jawapan-jawapan terhadap teguran Audit oleh Jabatan Audit Negara
• Menyediakan laporan dan syor kepada Ketua Jabatan terhadap kelemahan yang dapat di kesan dan cadangan penambahbaikan
• Menjalankan auditan pengurusan
• Menjalankan auditan terhadap semua program kualiti
• Menjalankan auditan terhadap Rumah Anak Yatim dan Badan Sukarelawan MAIM
• Urusetia Jawatankuasa Audit Dalam

UNIT AUDIT DALAM

1. Mengkaji kebolehpercayaan dan keberkesanan sistem kewangan serta kawalan dalaman organisasi.
2. Mengkaji tahap pematuhan kepada segala dasar, undang-undang, peraturan dan arahan yang berkuatkuasa;
3. Mengkaji aktiviti organisasi diuruskan secara berhemat, cekap dan berkesan;
4. Mengkaji aset dan kepentingan organisasi dilindungi dari segi kehilangan, penipuan dan penyelewengan;
5. Memberi nasihat/pandangan mengenai kawalan dalaman terhadap semua sistem  termasuk sistem ICT;
6. Melaporkan kepada Setiausaha MAIM hasil pengauditan dan memantau tindakan susulan diambil oleh pihak pengurusan terhadap perkara yang dibangkitkan;
7. Menyediakan Rancangan Tahunan dan Laporan Tahunan Audit Dalam untuk kelulusan Setiausaha MAIM; dan
8. Membentangkan Rancangan Tahunan dan Laporan Audit Dalam di Mesyuarat Jawatankluasa Audit.